在“十五期间”，计算机应用学科在网络智能技术、网络图形学、网络多媒体技术，以及面向网络的产品创新设计等研究方向形成明显特色和优势。近五年来，学科获省部级以上奖 3项，其中国家级奖项1 项。科研经费保持持续增长态势，科研总经费达到23596万元，其中纵向经费超亿元，特别是973、863项目经费有大幅度提高，达到2864.23万元。在各个重点方向的研究也有突破性进展。
在网络智能技术方面，受国家973计划语义网格专项资助，实现了语义网格平台DartGrid ，相关的研究论文发表于IEEE Intelligent System, IEEE/ACM Conference on Grid Computing等国际顶级期刊和会议；在中医药领域, 合作研制建立了包含50多个专题、70多个数据库、50GB的世界上最大的医药应用网格；实现了针对海量数字图书馆（CADAL）的全文检索系统，实现了对视频、图像、音频、中国书法字的跨媒体的多媒体检索；在网络图形学方面，研发了通用的目标电磁特性建模仿真软件系统，能够对复杂三维目标进行高精度建模，可以计算目标的全极化、多频段的目标散射特性，从而打破了国外对相应电磁仿真软件的封锁，增强我国隐身与结构一体化的设计能力；面向局域网环境的虚拟环境实时驱动引擎系统在虚拟环境的建模、虚拟化身构建和交互、分布式大规模场景的实时绘制技术等方面取得了重要进展，两篇论文发表在图形学领域顶尖国际期刊ACM Trans.on Graphics和顶尖国际会议ACM SIGGRAPH会议上；微分域几何计算理论和方法以微分观点研究了几何计算问题，利用优化方法作为计算手段，建立起了全新的微分域几何计算理论和方法，其成果连续发表在图形学领域国际顶尖期刊ACM Trans.on Graphics和顶尖国际会议SIGGRAPH上，得到了同行的高度评价和引用；在网络多媒体方面，自主开发了基于视频流的人体动画系统VBHAS，对运动数据综合处理的软件系统--Motion Studio ，在《Pattern Recognition》国际一流刊物上发表论文一篇，且获得国家发明专利1项；文物数字化获取系统完成了6家国家重点文物保护单位逾200件国宝级出土文物与3个大型文化遗址的文物数字化获取工作；文物虚拟展示系统完成了敦煌158窟数字球幕电影制作与敦煌莫高窟11个洞窟、河姆渡大型文化遗址、良渚和金沙遗址大量出土文物的虚拟展示工作。在面向网络的创新设计方向，成功研发了支持新产品开发全生命周期的七个计算机辅助软件平台,每个平台包括4到6个计算机软件系统；获软件登记版权45项、专利300多项，并且获得2003年度浙江省科技进步一等奖，2004年度国家科技进步二等奖。计算机应用技术二级学科在2001年全国高校重点学科评估中，对学术队伍、科学研究（包括科研项目、论文、专著与专利、科研奖励）、人才培养、条件建设、学术交流等方面进行评估，浙江大学计算机应用技术学科与清华大学的计算机应用技术学科均为满分，名列全国同类学科的前茅。在与国际同行的比较中，本学科在多个方向的某些方面达到了国际先进水平。在网络智能技术方面，建立的世界上最大的医药应用网格被网格之父Ian Foster在GlobusWorld2005会议上列举为国际最有影响的几个应用网格系统之一；在图形学与虚拟现实领域, 提出的基于微分域的几何物体表示理论和建模方法，处于国际领先地位，多篇论文发表在图形学领域顶尖国际期刊ACM Trans.on Graphics和顶尖国际会议ACM SIGGRAPH会议上；在网络多媒体领域，自主开发的VBHAS3.0通过专家鉴定，鉴定结论为“研究水平达到国际先进水平，其中基于双相机和紧身衣的人体运动获取和融合方面，以及所研制的VBHAS系统，在集成性和完整性方面，达到国际先进水平”。